Intocable en Egipto, el ejército sigue empleando los mismos métodos de censura e intimidación. El establecimiento del CSFA al día siguiente de la partida de Hosni Mubarak reforzó la sacralización de esta institución. El consejo no sólo continuó practicando los métodos de Hosni Mubarak para controlar la información, sino que los reforzó. Numerosos profesionales de la información y blogueros que buscaban denunciar las exacciones cometidas por algunos elementos del ejército o de la policía militar durante la insurrección prodemocrática enfrentan procesos legales ante jurisdicciones militares. El CSFA afirmó que no habría “ninguna tolerancia frente a los insultos lanzados contra [él]”.
Desde las elecciones legislativas de noviembre de 2011, Reporteros sin Fronteras no ha constatado recrudecimiento de las exacciones. No obstante, mientras el poder no haya sido transmitido a los civiles, la vigilancia continuará.
El bloguero Maikel Nabil Sanad fue el primer prisionero de conciencia de la era pos Mubarak. Detenido el 28 de marzo de 2011, fue condenado en abril de 2011 a tres años de prisión por haber publicado en su blog un informe que cuestionaba la aparente neutralidad del ejército durante las manifestaciones de enero y febrero de 2011. Fue absuelto el 21 de enero de 2012, en vísperas del primer aniversario de la revolución egipcia.
También fue víctima de estas acciones Asmaa Mahfouz, ganadora del premio Sakharov. En agosto de 2011 la amenazaron con que sería procesada ante un tribunal militar por insultar al CSFA.
Durante los enfrentamientos en el barrio de Maspero, en El Cairo, el 9 y 10 de octubre de 2011, el ejército no dudo en tomar por asalto las instalaciones de los canales de televisión Al-Hurra y Channel January 25, ubicados en el barrio, mientras transmitían reportajes sobre los incidentes. Los militares interrumpieron los programas y amenazaron a los periodistas. El ejército también intervino para que se cortaran temporalmente la electricidad, las líneas telefónicas y la conexión a Internet en las oficinas de Al-Shorooq. El bloguero y activista Alaa Abdel Fattah estuvo detenido cerca de dos meses por haberse negado a responder a las acusaciones de “incitación a la violencia”, “vandalismo” y “robo de armas” durante las manifestaciones de Maspero.
Durante la semana que precedió a las elecciones parlamentarias del 28 de noviembre de 2011, se registraron violentos enfrentamientos entre las fuerzas del orden y los manifestantes que pedían la partida del CSFA, principalmente en las calles adyacentes a la Plaza Tahrir. Asimismo, hubo reiterados casos de violencia contra los profesionales de la prensa entre el 16 y el 18 de diciembre de 2011.
El 7 de marzo de 2012, después de que el grupo llamado ‘Jóvenes, mujeres y hombres por un Egipto honorable’ presentara más de 700 quejas contra doce figuras públicas, el procurador general, conforme al artículo 9 (párrafo 1) de la Ley Marcial n°25 de 1966, envió el expediente al procurador militar. Entre estas doce personas se encontraban dos periodistas del canal ON TV, Rim Magued y Yosri Fouda, activistas como los blogueros Nawara Ngem y Wael Ghoneim, así como el escritor Alaa Al-Aswani. Podrían ser juzgados por “intento de derrocar al Estado” y “ataque a la reputación de las fuerzas armadas”.
Por otra parte, se emprendió una importante campaña de difamación en los medios de comunicación gubernamentales contra las ONG egipcias que reciben subvenciones del gobierno estadounidense y han criticado al CSFA. Esta campaña puso en peligro el futuro de numerosas asociaciones nacionales de defensa de los derechos humanos
